La formation à l’ENAREF est organisée en cinq (05) départements correspondant à l’année de mise à niveau et aux filières de spécialisation : 
- le département « tronc commun » ; 
- le département « comptabilité » ; 
- le département « finances » ; 
- le département « fiscalité » ; 
- et le département « statistiques, aménagement du territoire et économie et développement ».

Chaque département forme des stagiaires de sa spécialisation dans les trois cycles ou niveau de formation ci-dessus cités à partir de la 2ème année (à l’exception de la filière aménagement du territoire et économie et développement) :

    Le département « Tronc commun » forme tous les stagiaires de la 1ère année (A1, B1 et C1). Ce département est réservé aux cours magistraux et théoriques.
    Le département « Comptabilité » forme :
-    des Inspecteurs du Trésor (Cycle A)
-    des contrôleurs du Trésor (Cycle B)
-    et des agents de recouvrement du Trésor (Cycle C)

    Le département « fiscalité » forme : 
- des inspecteurs des impôts (cycle A), 
- des contrôleurs des impôts (cycle B) 
- et des agents de constatation et d’assiette (cycle C). 

    Le département « finances » est chargé de former : 
- des administrateurs des services financiers (cycle A), 
- des contrôleurs des services financiers (cycle B) 
- et des adjoints des services financiers (cycle C) 

    Le département « statistiques, Aménagement du territoire et Economie et développement » forme :
    Statistiques :
-    des adjoints techniques des statistiques ;
-    des agents techniques de la statistique ;
-    des conseillers en statistiques et analyse du développement.
    Aménagement du territoire :
-    des conseillers en aménagement du territoire.
    Economie et développement :
-    des conseillers en économie et développement. 

LA DUREE DE LA FORMATION 
La durée de la formation varie selon le cycle et le profil des stagiaires : 
-    cycle A : (Niveau Licence) : Vingt-quatre (24) mois ;
-    cycle B : (Niveau BAC) : Vingt-un (21) mois ;
-    cycle C : (Niveau BEPC) : dix-huit (18) mois.

LES DIPLOMES DE FIN DE FORMATION 
Les stagiaires reçoivent à l’issue de leur formation les diplômes ci-après en fonction du cycle et de la filière de formation : 
Cycle A : 
-    diplôme du cycle  A option Comptabilité
-    diplôme du cycle  A option Fiscalité
-    diplôme du cycle  A option Finances
-    diplôme du cycle  A option  Aménagement du territoire
-    diplôme du cycle  A option  Economie et développement.

Cycle B : 
-    diplôme du cycle  B option Comptabilité
-    diplôme du cycle  B option Fiscalité 
-    diplôme du cycle  B option  Finances
-    diplôme du cycle  B option Statistiques. 

Cycle C : 
-    diplôme du cycle  C option Comptabilité
-    diplôme du cycle  C option Fiscalité 
-    diplôme du cycle  C option  Finances

FRAIS DE SCOLARITE
    
Les frais de scolarité sont fixés ainsi qu’il suit :

CYCLES    ANNEE    ZONE UEMOA    ZONE HORS UEMOA
        Frais de scolarité par an    Frais de scolarité cycle complet    Frais de scolarité par an    Frais de scolarité cycle complet

L’accès aux cours est subordonné au paiement du premier versement d’au moins 50% du montant des frais de scolarité (non remboursable) et à une inscription administrative préalable du stagiaire. Le reste des frais se paie au plus tard à la fin du premier trimestre suivant le début de la rentrée. Toutefois, les frais d’inscription sont fixés à dix mille (10 000) francs CFA pour les nationaux et vingt mille (20 000) francs CFA pour les non nationaux.

Les frais de scolarité n’incluent pas les charges de rédaction du mémoire de fin de cycle pour les « A » et de transport pour le stage qui s’élèvent respectivement à quarante mille (40 000) et vingt mille (20 000) francs CFA. Ces frais restent à la charge des structures dont relèvent les stagiaires inscrits sur test.